MINISTERO DELL'UNIVERSITÀ E DELLA RICERCA


Modulo Proposta Anagrafe dei dottorati - a.a. 2020/2021
codice = DOT20JKTY9




1. Informazioni generali



Corso di Dottorato

Il corso è: Nuova istituzione  
Nuova denominazione del corso COMPUTATIONAL AND QUANTITATIVE BIOLOGY  
Ciclo 36  
Data presunta di inizio del corso 01/11/2020  
Durata prevista 3 ANNI  
Dipartimento/Struttura scientifica proponente Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione  
Dottorato in collaborazione con le imprese/dottorato industriale
(art. 11 del regolamento):
NO
[dato riportato in automatico dalla sezione "Tipo di Organizzazione"]
 
Dottorato in collaborazione con Università e/o enti di ricerca esteri
(art. 10 del regolamento):
NO
[dato riportato in automatico dalla sezione "Tipo di Organizzazione"]
 
Dottorato relativo alla partecipazione a bandi internazionali: NO  
se altra tipologia:
-
 
se SI, Descrizione tipo bando  
se SI, Esito valutazione  
Il corso fa parte di una Scuola? NO  
Presenza di eventuali curricula? NO  
Sito web dove sia visibile l'offerta formativa prevista ed erogata cqb.dieti.unina.it  


AMBITO: indicare i settori scientifico disciplinari coerenti con gli obiettivi formativi del corso

n. Settori scientifico disciplinari interessati (SSD) Indicare il peso percentuale di ciascun SSD nel progetto scientifico del corso Settori concorsuali interessati Macrosettore concorsuale interessato Aree CUN-VQR interessate
1. INF/01     %  15,00   INFORMATICA   01/B - INFORMATICA  
01 - Scienze matematiche e informatiche
 
2. ING-INF/05     %  15,00   SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI   09/H - INGEGNERIA INFORMATICA  
09 - Ingegneria industriale e dell'informazione
 
3. ING-IND/34     %  10,00   BIOINGEGNERIA   09/G - INGEGNERIA DEI SISTEMI E BIOINGEGNERIA  
09 - Ingegneria industriale e dell'informazione
 
4. FIS/02     %  10,00   FISICA TEORICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI   02/A - FISICA DELLE INTERAZIONI FONDAMENTALI  
02 - Scienze fisiche
 
5. ING-INF/06     %  10,00   BIOINGEGNERIA   09/G - INGEGNERIA DEI SISTEMI E BIOINGEGNERIA  
09 - Ingegneria industriale e dell'informazione
 
6. BIO/11     %  10,00   BIOLOGIA MOLECOLARE   05/E - BIOCHIMICA E BIOLOGIA MOLECOLARE SPERIMENTALI E CLINICHE  
05 - Scienze biologiche
 
7. MED/03     %  10,00   GENETICA MEDICA   06/A - PATOLOGIA E DIAGNOSTICA DI LABORATORIO  
06 - Scienze mediche
 
8. BIO/10     %  5,00   BIOCHIMICA GENERALE   05/E - BIOCHIMICA E BIOLOGIA MOLECOLARE SPERIMENTALI E CLINICHE  
05 - Scienze biologiche
 
9. BIO/18     %  5,00   GENETICA   05/I - GENETICA E MICROBIOLOGIA  
05 - Scienze biologiche
 
10. MAT/05     %  5,00   ANALISI MATEMATICA, PROBABILITÀ E STATISTICA MATEMATICA   01/A - MATEMATICA  
01 - Scienze matematiche e informatiche
 
11. SECS-S/01     %  5,00   STATISTICA   13/D - STATISTICA E METODI MATEMATICI PER LE DECISIONI  
13a - Scienze economiche e statistiche
 
  TOTALE    %  100,00          


Descrizione e obiettivi del corso

Il corso di Dottorato in Computational Biology è finalizzato alla formazione di giovani ricercatori che possano esse in grado di affrontare i problemi aperti delle Scienze della Vita e della Medicina con un approccio quantitativo modellistico-computazionale. La Biologia Computazionale è una disciplina emergente che si pone alla frontiera dell’Informatica, della Fisica, dell’Ingegneria e della Biologia finalizzata a porre in termini algoritmici le principali questioni aperte legate alla comprensione degli aspetti molecolari della vita e delle malattie. Si tratta di un’area particolarmente adatta allo sviluppo e applicazione di nuovi modelli di apprendimento automatico (Machine Learning), di algoritmi per l’analisi esplorativa di grosse quantità di dati (Big Data Science), di statistica computazionale per la realizzazione per approcci di System Biology che possano favorire nuove scoperte nelle Scienze della Vita. Il corso di Dottorato è indirizzato a formare la prossima generazione di ricercatori che vogliano svolgere un ruolo attivo nell’avanzamento della conoscenza nei settori di frontiera sia delle Scienze Computazionali che delle Scienze della Vita.
Il programma di studio è quindi caratterizzato da una competenza multidisciplinare, da una forte collaborazione interdisciplinare ed offre un curriculum facilmente adattabile agli interessi ed al background di ciascuno studente con periodi di rotazione tra diversi laboratori sia in ambito computazionale che sperimentale.


Sbocchi occupazionali e professionali previsti

Gli sbocchi occupazionali e professionali previsti per questo Dottorato sono relativi a posizioni dedicate alle attività di ricerca e innovazione scientifica e tecnologica nei settori delle Tecnologie dell'Informazione per la Biomedicina e le Biotecnologie. Si tratta di caratterizzati da una fortissima domanda sia in ambito scientifico che industriale da prefigurare opportunità di occupazione qualificata e gratificante ben superiori al numero di dottori che completeranno i loro studi.
Le seguenti realtà sono elettivamente destinate ad accogliere i dottori di ricerca che otterranno il titolo da questo dottorato.
- Imprese industriali, con particolare riguardo alle componenti farmaceutiche e biotecnologiche.
- Imprese di servizio ad elevato contenuto tecnologico e centri di diagnostica avanzata e molecolare nonche' le attività di promozione delle nuove capacità imprenditoriali nei settori delle tecnologie per la salute
- Enti pubblici, enti di Assistenza Sanitaria, Istituti di Cura a Carattere Scientifico, Agenzie e Autorità varie che operano nei settori prima citati.
- Centri di ricerca pubblici e privati. - Università.
Le articolazioni possibili delle attività formative sono funzionali a favorire la futura occupazione dei dottori in realtà tanto italiane quanto estere.


Sede amministrativa

Ateneo Proponente: Università degli Studi di Napoli Federico II  
N° di borse finanziate 6  
Sede Didattica Napoli  


Tipo di organizzazione

1) Singola Università
 


Note

(max 1.000 caratteri):
L’Università degli Studi di Napoli “Federico II” ha attivato per 5 anni il Corso di Dottorato in Biologia Computazionale e Bioinformatica, interrotto nel 2013.
Alcuni dettagli del corso:
- Cicli attivati: 5 (XXIV, XXV, XXVI, XXVII, XXVIII)
- totale studenti: 31 studenti di cui 2 stranieri
- Borse di studio erogate per ciclo: XXIV = 2 da Ateneo, 3 da Enti di Ricerca,XXV = 2 da Ateneo, 4 da Enti di Ricerca, 1 da Fondo Giovani, XXVI = 2 da Ateneo, 3 da Enti di Ricerca, 1 da Fondo Giovani XXVII = 2 da Ateneo, 2 da Enti di Ricerca XXVIII = 2 da Ateneo, 3 da Enti di Ricerca, 1 da Fondo Giovani

Dal 2018, il DIETI è insignito dal MIUR del titolo di Dipartimento di Eccellenza


2. Collegio dei docenti



Coordinatore

Cognome Nome Ateneo Proponente: Dipartimento/ Struttura Qualifica Settore concorsuale Area CUN-VQR
CECCARELLI   Michele   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Professore Ordinario (L. 240/10)   09/H1   9  


Curriculum del coordinatore

Posizioni:
- 2019-oggi Professore Ordinario di Sistemi di Elaborazione dell’Informazione ING-INF/05 presso il Dipartimento di Ingegneria Dipartimento di Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione - Università Degli Studi di Napoli “Federico II”
- 2010-oggi Responsabile del Laboratorio di Bioinformatica dell’Istituto di Ricerche Genetica “G. Salvatore” BIOGEM di Ariano Irpino
- 2018-oggi Vice-Direttore Scientifico dell’Istituto di Ricerche Genetica “G. Salvatore” BIOGEM di Ariano Irpino
- 2002-2019 Professore Associato di Sistemi di Elaborazione dell’Informazione INF-INF/05) presso l’Universita ́ degli Studi del Sannio, Dipartimento di Scienze e Tecnologie
- 1997-2002 Ricercatore (SSD INF/01) presso l’Universita ́ degli Studi del Sannio (Ben- evento), Facolta ́ di Scienze
- 1994-1997 Ricercatore (ex art. 23), presso il Consiglio Nazionale delle Ricerche
- 1991-1994 Professore a contratto presso l’Universita ́ di Salerno
- 1990-1993 Borsista presso il Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)

Posizioni e Attivitò di Ricerca presso Enti e Istituti di Ricerca Stranieri:
- Giugno-Luglio 2014 Professore invitato presso l’Università Pierre et Marie Curie, Parigi, Francia
- Settembre 2014-Dicembre 2016 Acting Research Director del gruppo di Computational Science and Engineering presso Qatar Computing Research Institute, Doha (Qatar)
- 2018-2019 Director di Computational Biology presso AbbVie Biotherapeutics, Redwood City (CA), USA

Produzione Scientifica
- 93 articoli in Riviste scientifiche internazionali
- 19 capitoli di libri
- 51 articoli in atti di convegni internazionali con referaggio

Indicatori Bibliometrici Aprile 2020 (fonte google scholar)
Numero Citazioni: 5165
H-index: 32
I10-index: 81

Responsabile di progetti
- 2018-2022 Responsabile Scientifico del Progetto dal titolo ”A Systems Genetics Approach for the Identification of Molecular Determinants of Cancer Immune Responsiveness” Finanziato dall’AIRC (Associazione Italiana Ricerca sul Cancro).
- 2018-2021 Responsabile dell’Unita ́ Univ. del Sannio del Progetto dal Titolo ”Genoma e Salute” finanziato dalla regione Campania nell’ambito del Por Campania Fesr 2014/2020 Manifestazione di Interesse per la realizzazione di Progetti di Sviluppo/Potenziamento di Infrastrutture di Ricerca strategiche Regionali per la Lotta alle Patologie Oncologiche.
- 2018-2021 Responsabile Unità di Ricerca del progetto PRIN 2017 “The interaction between human gastric cancer and its microenvironment: A systems evaluation to identify potential regulators of metastatic dissemination” 2017XJ38A4
- 2009-2010 Responsabile Unità di Ricerca del progetto PRIN 2008 “ Metodi e strumenti computazionali per l’analisi dei dati di associazioni genome-wide allo scopo di identificare marker genetici che possono influenzare lo sviluppo di patologie cardiovascolari” 20085CH22F_003
- 2005-2007 Responsabile Unita ́ del progetto PRIN 2004 ”Algoritmi avanzati per la segmentazione e l’analisi di immagini e video in biomedicina” 2004062740 002 

Attività Editoriali
- Section Editor della Sezione Medical Bioinformatics del Journal of Translational Medicine (IF 4.09)
- Associate editor di Journal of Biomedical Data Mining

Co-Chair delle seguenti Conferenze internazionali
– International Conference IEEE International Conference on Imaging Systems and Techniques (IST 2010), Thessaloniki, Greece, 1-2 July 2010.
– International Conference IEEE International Conference on Imaging Systems and Techniques (IST 2011), Penang, Malaysia, 17-18 May 2011.
– International Conference IEEE International Conference on Imaging Systems and Techniques (IST 2012), Manchester (UK), 16-17 July 2012.
– International Conference IEEE International Conference on Imaging Systems and Techniques (IST 2013), Beijing (China), 22-23 October 2013.
– 2nd International Workshop on Pattern Recognition in Proteomics, Structural Biology and Bioinformatics, Napoli 9-10 Settembre 2013

Tutoraggio dottorati di ricerca e formazione giovani ricercatori
- 2005-2009 Tutor di Antonio Maratea, Dottorato in Ingegneria Informatica, Settembre 2009 at- tulamente ricercatore SSD INF/01 presso l’Universita ́ degli Studi di Napoli ”Parthenope”
- 2009-2012 Tutor di Pietro Zoppoli, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2012, post-doc presso la Columbia University-NYC-USA (2012-2016) attualmente ricercatore presso l’IRCS Centro di Riferimento Oncologico di Basilicata (CROB)
- 2009-2012 Tutor di Sandro Morganella, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2012, post-doc presso European Bioinformatics Institute EBI-Cambridge-UK (2012-2017) attualmente post- doc presso il Wellcome Sanger Institute- Cambridge-UK
- 2010-2013 Tutor di Vincenzo Paduano, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2013, post-doc Consiglio Nazionale delle Ricerca (2013-2015) attualmente CTO di unfroud.com
- 2011-2014 Tutor di Antonio Colaprico, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2014, post-doc presso Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels-BE (2014-2017) attualmente Assistant Scientist, University of Miami (USA)
- 2013-2016 Tutor di Ines Simeone, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2016, attualmente post- doc presso IFOM-IEO Milano
- 2013-2016 Tutor di Giovanna Ventola, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2016, attualmente scientist presso Genomics4Life scrl Salerno.
- 2013-2016 Tutor di Luciano Garofano, Dottorato in Bioinformatica, Luglio 2017, attualmente post-doc presso Columbia University-NYC-USA
- 2014-2018 Tutor di Francesca Caruso, Dottorato in Scienze e Tecnologie per l’Ambiente e la Salute, luglio 2018, attualmente post-doc presso BIOGEM Istituto di Ricerche Genetiche G. Salvatore
- 2015-2018 Tutor di Teresa Noviello, Dottorato in Scienze e Tecnologie per l’Ambiente e la Salute.

invited talks
- Keynote speaker al 5th International Conference on Software, Knowledge Information, Indus- trial Management and Applications (SKIMA), Ariano Irpino, 2011
- Keynote speaker at EU-ASEAN Computational Biology Workshop, 2012, Penang, Malesia.
- Keynote speaker at Italian Proteomics Association International Conference, 2014, Napoli.
- Keynote speaker at Breast Cancer Immunotherapy Symposium (BRECIS) 2015, Doha, Qatar
- Keynote speaker at 12-th International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics 2015, Napoli.
- Speaker nella sezione ”Quantitative Biology in Neuro-Oncology” del Society for NeuroOncol- ogy (SNO) Annual Meeting, San Francisco, California, Novembre 16-19, 2017.
- Keynote Speaker "Quantitative Science Lecture Series"University of Miami (FL), USA, September 27, 2019,

Attivita ́ gestionali, organizzative e di servizio
- 2016-2019 Presidente del Corso di Laurea in Biotecnologie dell’Universita ́ del Sannio
- 2003-2009 Membro nel Consiglio di Amministrazione dell’Ente per il Diritto allo Studio (EDISU) di Benevento



Qualificazione scientifica del coordinatore

1. avere diretto per almeno un triennio comitati editoriali o di redazione di riviste scientifiche di classe A (per i settori non bibliometrici) o presenti nelle banche dati WoS e Scopus (per i settori bibliometrici) SI   descrizione: (max (1.000 caratteri)
Sectoin Editor per la Sezione Medical Bioinformatics della Rivista Journal of Translational Medicine - Springer Nature (IF. 4.09)
 
2. avere svolto il coordinamento centrale di gruppi di ricerca e/o di progetti nazionali o internazionali competitivi SI   descrizione: (max (1.000 caratteri)
2010-oggi Responsabile del Laboratorio di Bioinformatica dell’Istituto di Ricerche BIOGEM di Ariano Irpino
- Settembre 2014-Dicembre 2016 Acting Research Director presso Qatar Computing Research Institute, Doha (Qatar)
- 2018-2019 Director di Computational Biology presso AbbVie Biotherapeutics, Redwood City (CA), USA
- 2018-2022 Responsabile Scientifico del Progetto dal titolo ”A Systems Genetics Approach for the Identification of Molecular Determinants of Cancer Immune Responsiveness” Finanziato dall’AIRC (Associazione Italiana Ricerca sul Cancro).
- 2018-2021 Responsabile dell’Unita PRIN 2017
- 2009-2011 Responsabile Unità PRIN 2008
- 2005-2007 Responsabile Unità PRIN 2008
 
3. avere partecipato per almeno un triennio al Collegio dei docenti di un Dottorato di ricerca SI   descrizione: (max (1.000 caratteri)
- 2013-2019 Partecipazione al Dottorato in "SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE E LA SALUTE" Università degli Studi del Sannio
- 2009-2013 Partecipazione al Dottorato "Bioinformatica" Università degli Studi del Sannio
 


Membri del collegio (Personale Docente e Ricercatori delle Università Italiane)

n. Cognome Nome Ateneo Dipartimento/ Struttura Ruolo Qualifica Settore concorsuale Area CUN-VQR SSD Stato conferma adesione
1. CECCARELLI   Michele   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Coordinatore   Professore Ordinario (L. 240/10)   09/H1   09 - Ingegneria industriale e dell'informazione   ING-INF/05   ha aderito  
2. DI BERNARDO   Diego   Napoli Federico II   Ingegneria Chimica, dei Materiali e della Produzione Industriale   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   09/G2   09 - Ingegneria industriale e dell'informazione   ING-IND/34   ha aderito  
3. COCOZZA   Sergio   Napoli Federico II   Medicina Molecolare e Biotecnologie Mediche   Componente del gruppo dei 16   Professore Ordinario   06/A1   06 - Scienze mediche   MED/03   ha aderito  
4. CHIUSANO   Maria Luisa   Napoli Federico II   Agraria   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   05/E2   05 - Scienze biologiche   BIO/11   ha aderito  
5. CAPASSO   Mario   Napoli Federico II   Medicina Molecolare e Biotecnologie Mediche   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   06/A1   06 - Scienze mediche   MED/03   ha aderito  
6. SANSONE   Mario   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Componente del gruppo dei 16   Ricercatore confermato   09/G2   09 - Ingegneria industriale e dell'informazione   ING-INF/06   ha aderito  
7. ISGRO'   Francesco   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Componente del gruppo dei 16   Ricercatore confermato   01/B1   01 - Scienze matematiche e informatiche   INF/01   ha aderito  
8. CUBELLIS   Maria Vittoria   Napoli Federico II   Biologia   Componente del gruppo dei 16   Professore Ordinario (L. 240/10)   05/E1   05 - Scienze biologiche   BIO/10   ha aderito  
9. MAJELLO   Barbara   Napoli Federico II   Biologia   Componente del gruppo dei 16   Professore Ordinario (L. 240/10)   05/I1   05 - Scienze biologiche   BIO/18   ha aderito  
10. VITALE   Patrizia   Napoli Federico II   Fisica "Ettore Pancini"   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   02/A2   02 - Scienze fisiche   FIS/02   ha aderito  
11. STROFFOLINI   Bianca   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato confermato   01/A3   01 - Scienze matematiche e informatiche   MAT/05   ha aderito  
12. DE SIMONE   Alfonso   Napoli Federico II   Farmacia   Componente del gruppo dei 16   Professore Ordinario   05/E2   05 - Scienze biologiche   BIO/11   ha aderito  
13. TORINO   Enza   Napoli Federico II   Ingegneria Chimica, dei Materiali e della Produzione Industriale   Componente del gruppo dei 16   Ricercatore a t.d. - t.pieno (art. 24 c.3-a L. 240/10)   09/G2   09 - Ingegneria industriale e dell'informazione   ING-IND/34   ha aderito  
14. FAELLA   Marco   Napoli Federico II   Ingegneria Elettrica e delle Tecnologie dell'Informazione   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   01/B1   01 - Scienze matematiche e informatiche   INF/01   ha aderito  
15. CIARAMELLA   Angelo   "Parthenope" di NAPOLI   SCIENZE E TECNOLOGIE   Componente del gruppo dei 16   Professore Associato (L. 240/10)   01/B1   01 - Scienze matematiche e informatiche   INF/01   ha aderito  


Membri del collegio (Personale non accademico dipendente di altri Enti e Personale docente di Università Straniere)

n. Cognome Nome Ruolo Tipo di ente: Ateneo/Ente di appartenenza Paese Dipartimento/ Struttura Qualifica Codice fiscale SSD Attribuito Area CUN-VQR attribuita N. di Pubblicazioni (*)
1. ANGELINI   Claudia   Altro Componente   Ente di ricerca (VQR)   Consiglio Nazionale delle Ricerche   Italia   Istituto per le Applicazioni del Calcolo “M. Picone”   Primi ricercatori   NGLCLD71M54F839H   SECS-S/01   13a   30  
2. IORIO   Francesco   Comp. gruppo dei 16   Altro Ente (no VQR)   Human Technopole - Milan, Italy   Italia   Centro di Biologia Computazionale   Primi ricercatori   RIOFNC78C09G975W   INF/01   05   31  


(*) numero di prodotti scientifici pubblicati dotati di ISBN/ISMN/ISSN o indicizzati su WoS o Scopus negli ultimi cinque anni


Principali Atenei e centri di ricerca internazionali con i quali il collegio mantiene collaborazioni di ricerca (max 5) con esclusione di quelli di cui alla sezione 1

n. Denominazione Paese Tipologia di collaborazione
1. COLUMBIA UNIVERSITY IN THE CITY OF NEW YORK   Stati Uniti d'America   (max 500 caratteri)
Una pluriennale attività di collaborazione fra alcuni membri del collegio e i ricercatori dell'Institute for Cancer Genetics della Columbia ha portato a diverse importanti scoperte nell'ambito dei marcatori della progressione tumorale nei brain tumors. Si prevedono scambi di studenti e ricercatori fra i due istituti.
 
2. UNIVERSITY OF MIAMI   Stati Uniti d'America   (max 500 caratteri)
Attività di ricerca nell'ambito del consorzio internazionale Clinical Proteomics Tumor Analysis Consortium. Si prevedono scambi di studenti e ricercatori fra i due istituti.
 
3. ETH (ZURICH)   Svizzera   (max 500 caratteri)
Collaborazione con il Prof Mustafa Khammash (https://bsse.ethz.ch/ctsb) sull’applicazione dell’ingegneria dei controlli alla biologia sintetica nell’ambito del progetto europeo FET OPEN H2020 “Cosy-Bio” (www.cosy-bio.eu) di cui sono coordinatore
 
4. RIKEN INSTITUTE YOKOHAMA   Giappone   (max 500 caratteri)
Collaborazione con il Dott. Erik Arner sul riposizionamento di farmaci attraverso metodi bioinformatici (https://www.riken.jp/en/research/labs/ims/mol_net_ctrl_genom/)
 
5. MAX DELBLUCK CENTRE (MDC), BERLINO.   Germania   (max 500 caratteri)
Sviluppo di nuove tecnologie, che combinano metodi matematici, fisici e di biologia molecolare, per la mappatura della struttura 3D del genoma al fine di rivelare il network di contatti funzionali tra i geni e i loro regolatori (p.es., enhancers).
 


Descrizione della situazione occupazionale dei dottori di ricerca che hanno acquisito il titolo negli ultimi tre anni

(max 1.500 caratteri)
Non applicabile


Note



3. Eventuali curricula
Curriculum dottorali afferenti al Corso di dottorato
La sezione è compilabile solo se nel punto "Corso di Dottorato" si è risposto in maniera affermativa alla domanda "Presenza di eventuali curricula?"


Note


4. Struttura formativa

Attività didattica disciplinare e interdisciplinare

Insegnamenti ad hoc previsti nell'iter formativo Tot CFU: 36   n.ro insegnamenti: 6   di cui è prevista verifica finale: 6  
Insegnamenti mutuati da corsi di laurea magistrale SI   n.ro: 2   di cui è prevista verifica finale: 2  
Insegnamenti mutuati da corsi di laurea (primo livello) NO      
Cicli seminariali SI  
Soggiorni di ricerca (ITALIA - al di fuori delle istituzioni coinvolte) NO      
Soggiorni di ricerca (ESTERO nell’ambito delle istituzioni coinvolte) NO      
Soggiorni di ricerca (ESTERO - al di fuori delle istituzioni coinvolte) SI     Periodo medio previsto (in mesi per studente): 6  


Descrizione delle attività di formazione di cui all’art. 4, comma 1, lett. f)

Tipologia  Descrizione sintetica (max 500 caratteri per ogni descrizione)
Linguistica Il Dottorato intende promuovere attività di formazione linguistica congiuntamente agli altri dottorati dell'Ateneo beneficiando anche del Centro Linguistico di Ateneo per valutazione e miglioramento delle capacità di espressione scritta e parlata in lingua inglese.
Il Dipartimento si impegnerà a far svolgere corsi di scrittura di documenti tecnici e presentazione di memorie in lingua inglese possibilmente tenuti da madrelingua, con esperienza editoriale e con rilascio di certificazione.
 
Informatica Le competenze di informatica sono patrimonio peculiare del proponendo corso di dottorato. Il DIETI annovera quasi 20 docenti per l'ssd INF--01 "Informatica" di area 01, e più di 20 docenti per l'ssd ING-INF/05 "Sistemi di elaborazione delle informazioni" per l'area 09.
Gli studenti del dottorato proverranno da corsi dove l'Informatica è materia ampiamente trattata. E di informatica tratteranno molti dei corsi ad hoc offerti.
Saranno infine offerti corsi dedicati al supercalcolo e ai Big Data.
 
Gestione della ricerca, della conoscenza dei sistemi di ricerca e dei sistemi di finanziamento Il corso di dottorato beneficerà delle competenze del Dipartimento proponente che ha avuto in carico 9 progetti di ricerca finanziati in ambito internazionale (FP7).
Il Dottorato intende promuovere attività di formazione in questo campo in sinergia con gli altri dottorati appartenenti all’Ateneo.
Il Dipartimento si impegnerà a far regolarmente svolgere corsi di gestione e finanziamento della ricerca (europrogettazione), soprattutto per iniziative in ambito europeo (Horizon 2020).
 
Valorizzazione dei risultati della ricerca e della proprietà intellettuale Il DIETI sostiene la partecipazione dei dottorandi alle numerose iniziative di Ateneo su trasferimento tecnologico, brevettazione, valorizzazione dei risultati e della proprietà intellettuale, creazione di startup.
In effetti, dalla sua istituzione nel 2013, sono circa una decina gli spinoff originati dal DIETI a partire dai risultati delle ricerche dei dottorandi con i relativi docenti, e, in alcuni casi, si è avuta la registrazione di brevetti.
Alcuni spinoff sono tuttora ospitati dal DIETI.
 


Note

(MAX 1.000 caratteri):
Sono previsti percorsi separati per gli studenti provenienti da discipline chimico-biologiche e per studenti provenienti da lauree in discipline matematico-ingegneristiche. La definizione del piano di studio avviene in accordo alle indicazioni del Collegio di Dottorato. In particolare tutti gli studenti del primo anno dovranno:
completare tre rotazioni bimestrali presso i laboratori dei membri del collegio anche per la scelta del supervisore della tesi di Dottorato, completare i requisiti dei corsi curriculari
partecipare ai cicli di seminari di Biologia Computazionale.
Al termine del secondo anno gli studenti presentano un progetto di tesi di Dottorato che viene discusso nel Collegio di Dottorato.
La Dissertazione è sottoposta al giudizio del Collegio che si avvarrà di revisori esterni (mediamente due). Gli studenti che vogliono accedere alla discusione finale dovranno avere pubblicato, come primo autore, almeno un articolo scientifico su una rivista internazionale dotata di IF.

5. Posti, borse e budget per la ricerca

Posti, borse e budget per la ricerca

Descrizione Ciclo 36° Anagrafe dottorandi (35°) Ciclo 35° (Tabella POSTI)
A - Posti banditi
(messi a concorso)
 
1. Posti banditi con borsa   N. 6   0    
2. Posti coperti da assegni di ricerca   N. 0   0    
3. Posti coperti da contratti di apprendistato   N. 0   0    
Sub totale posti finanziati (A1+A2+A3)   N. 6   N. 0   ()  
4. Eventuali posti senza borsa   N. 2   0    
B - Posti con borsa riservati a laureati in università estere   N. 0   0    
C - Posti riservati a borsisti di Stati esteri     0    
D - Posti riservati a borsisti in specifici programmi di mobilità internazionale     0    
E - Posti riservati a dipendenti di imprese impegnati in attività di elevata qualificazione (dottorato industriale) o a dipendenti di istituti e centri di ricerca pubblici impegnati in attività di elevata qualificazione (con mantenimento di stipendio)     0    
F - Posti senza borsa riservati a laureati in Università estere     0    
TOTALE = A + B + C + D + E + F   N. 8   N. 0   ()  
DI CUI CON BORSA = TOTALE – A4 - F   N. 6   N. 0   ()  
Importo della borsa
(importo annuale al lordo degli oneri previdenziali a carico del percipiente)
 
Euro: 15.343,28      
Budget pro-capite annuo per attività di ricerca in Italia e all’Estero
(a partire dal secondo anno, in termini % rispetto al valore annuale della borsa al lordo degli oneri previdenziali a carico del percipiente)
 
(min 10% importo borsa): 10,00      
Importo aggiuntivo alla borsa per mese di soggiorno di ricerca all’estero
(in termini % rispetto al valore mensile della borsa al lordo degli oneri previdenziali a carico del percipiente)
 
(MAX 50% importo borsa): 50,00      
BUDGET complessivamente a disposizione del corso per soggiorni di ricerca all'estero
(importo lordo annuale comprensivo degli oneri previdenziali a carico del percipiente)



Nota: il budget complessivamente a disposizione del corso per soggiorni all’estero è calcolato considerando la percentuale di maggiorazione della borsa, il numero di mesi all’estero, il numero di anni del corso e il numero di studenti con borsa.
 
Euro: 26.850,60      
Eventuali note:
(max 500 caratteri)
Sono in fase di definizione accordi per ricevere in tempo utile finanziamenti da destinarsi all'incremento del numero di borse. Questa procedura si concretizzà in prossimità del bando o del concorso di ammissione.
 

Attenzione: i dati di questa sezione relativi agli iscritti al ciclo precedente vengono aggiornati utilizzando le informazioni inserite nella piattaforma ANS/PL fino al giorno della chiusura della scheda anagrafe .

Fonti di copertura del budget del corso di dottorato (incluse le borse)

FONTE  Importo (facoltativo) Descrizione Tipologia
(max 200 caratteri)
Fondi Ministeriali    
Progetti competitivi o fondi messi a disposizione dal proponente    
Fondi di ateneo   n. 6 borse  
Finanziamenti esterni    
Altro    


Note


6. Strutture operative e scientifiche

Strutture operative e scientifiche

Tipologia Descrizione sintetica (max 500 caratteri per ogni descrizione)
Attrezzature e/o Laboratori   I laboratori del DIETI ammontano a 37 laboratori, distribuiti in almeno 25 locali indipendenti con 200 postazioni di lavoro
Il Dottorato CQB si avvarra' anche della collaborazione e dei laboratori presso altri dipartimenti come evidente dalla composizione del collegio e, mediante stipula di apposite convenzioni, a importanti centri di ricerca nell'area Campana e nazionale che svolgono ricerca di frontiera nel campo delle genomica e biotecnologia.
 
Patrimonio librario   consistenza in volumi e copertura delle tematiche del corso   La Biblioteca del DIETI contiene un patrimonio librario di circa 28.000 volumi rilegati, inerenti tematiche tutte di interesse primario per il dottorato. La superficie della Biblioteca è di circa 190 mq. La Biblioteca è integrata nel sistema delle biblioteche di Ateneo per un patrimonio librario (organizzato per ricerche in rete) straordinario e in continua espansione.  
abbonamenti a riviste (numero, annate possedute, copertura della tematiche del corso)   I periodici cartacei in abbonamento corrente fino alla fine dello scorso anno erano 60. La maggior parte delle collezioni di periodici cartacei parte dagli anni '60, ma ce ne sono anche alcune, che partono dagli anni '20. Per varie ragioni (efficienza nelle ricerche, ingombro, economiche) la strategia seguita in Dipartimento prevede la conservazione di abbonamenti a riviste in forma cartacea solo a supporto di forme digitali.  
E-resources   Banche dati (accesso al contenuto di insiemi di riviste e/o collane editoriali)   Il Dottorato di ricerca adopera le risorse elettroniche disponibili tramite i servizi dell'Ateneo Federico II a 64 banche dati, 22 collezioni di periodici di editori vari, 9 collezioni di libri in formato elettronico comprendenti circa 10.000 testi. Per quanto attiene gli argomenti oggetto di queste collezioni, il 10% e il 40% sono valutabili rispettivamente come di primario e di collaterale interesse per i temi di didattica e ricerca del dottorato.  
Software specificatamente attinenti ai settori di ricerca previsti   Tutti i Laboratori sono attrezzati con le necessarie dotazioni hardware e software richieste dalle applicazioni per cui sono concepiti. Si tratta di più di cento postazioni informatiche dedicate alla ricerca e alcune centinaia di postazioni orientate alla formazione. La disponibilità di software (acquistato, ma soprattutto autoprodotto per attività sperimentali) è notevolissima com'è ragionevole per un dottorato svolto sui temi di ricerca di genomica e biologia computazionale  
Spazi e risorse per i dottorandi e per il calcolo elettronico   Per le attività di ricerca sono riservati ai dottorandi vari studi nel Dipartimento: a ciascun dottorando può essere dedicata una posizione prossima al, o integrata nel, gruppo di ricerca di riferimento. Per le attività di didattica sono disponibili 4 fra aule e sale (non disponibili per didattica di I e II livello) con capienza fino a 80 posti e funzionalità completa per videoconferenza. Inoltre il DIETI accede alle risorse di supercalcolo del centro SCoPe a Monte S.Angelo.  
Altro    


Note

(MAX 1.000 caratteri):
Gli studenti avranno, tra l'altro, la possibilità di accedere alle facility dei laboratori avanzati presso i centri di ricerca:
- Tigem (Telethon): ospita oltre 200 membri dello staff, tra cui 18 gruppi di ricerca.Programmi in Biologia cellulare, Terapia molecolare e Medicina Genomica e 10 servizi di supporto comprendente il Servizio Bioinformatico e diverse grandi attrezzature.
- Biogem: un complesso di 33000 m2 di superficie, di cui coperti 8200 m2, residenza per ricercatori e studenti di 810 m2. Grandi attrezzature come microscopia a due fotoni, sequenziatori NGS, cluster HPC.
- Ceinge: 16 laboratori per 9000 mq. facility di Colture cellulari, proteomica, sequenziamento e sintesi, microscopia, anatomia patologica, stabulario
- Human Technopole: ha attivato un centro di Biologia Computazionale
- Stazione Zoologica "Anton Dohrn", che ha attivato un centro di servizi di bioinformatica.

7. Requisiti e modalità di ammissione

Requisiti richiesti per l'ammissione

Tutte le lauree magistrali: SI, Tutte  
se non tutte, indicare quali:  
Altri requisiti per studenti stranieri: (max 500 caratteri):
Il Dottorato adotta integralmente le norme previste dall'art.8 del D.M. n. 45 del 8.2.2013 e dagli artt. 11 e 14 del D.R. n.45 e dal D.R. n.2558 del 29.7.2016.
 
Eventuali note  


Modalità di ammissione

Modalità di ammissione
Titoli
Prova orale
 
Per i laureati all'estero la modalità di ammissione
è diversa da quella dei candidati laureati in Italia?
SI  
se SI specificare:
Titoli
Prova orale
 


Attività dei dottorandi

È previsto che i dottorandi possano svolgere attività di tutorato SI
 
 
È previsto che i dottorandi possano svolgere attività di didattica integrativa SI
 
Ore previste: 60  


Note

(MAX 1.000 caratteri):
I membri della Commissione del Concorso di Ammissione al Dottorato si prevede siano eletti per votazione dai membri del Collegio.
La prova di ammissione è articolata sulla comprensione critica del testo di un articolo scientifico internazionale (scelto dal candidato fra molti proposti) di significativo impatto nell'ambito dei temi del dottorato. Al candidato è anche richiesto lo sviluppo di commenti personali sul tema generale e su aspetti particolari dell’articolo scelto. La prova orale consisterà in un seminario sull'argomento dell'articolo prescelto e sull’esperienza pregressa di ricerca o di tesi, si sviluppa intorno ai temi di ricerca di interesse per il candidato.



Dottorato innovativo a caratterizzazione internazionale

• Dottorato in collaborazione con Università e/o enti di ricerca esteri   NO
 
 
• Dottorato relativo alla partecipazione a bandi internazionali (e.g. Marie Skłodowska Curie Actions, ERC)   NO    
• Collegio di dottorato composto per almeno il 25% da docenti appartenenti a qualificate università o centri di ricerca stranieri   NO    
• Presenza di eventuali curricula in collaborazione con Università/Enti di ricerca estere e durata media del periodo all'estero dei dottori di ricerca pari almeno a 12 mesi   NO
 
 
• Presenza di almeno 1/3 di iscritti al Corso di Dottorato con titolo d'accesso acquisito all'estero ***   ND    


Dottorato innovativo a caratterizzazione intersettoriale

• Dottorato in convenzione con Enti di Ricerca   NO
 
 
• Dottorato in convenzione con le imprese o con enti che svolgono attività di ricerca e sviluppo   NO
 
 
• Dottorato selezionato su bandi internazionali con riferimento alla collaborazione con le imprese   NO
 
 
• Dottorati inerenti alle tematiche dell’iniziativa “Industria 4.0   SI
 
Motivazione:
La Biologia Computazionale e la Bioinformatca costituiscono le tecnologie abilitanti di riferimento per sfruttare e analizzare i big data provenienti da studi di genomica su larga scala per le prossime sfide nel campo delle Scienze della Vita, nello sviluppo di nuovi farmaci, per comprensione dei meccanismi molecolari delle malattie umane e per la realizzazione di modelli di medicina di precisione.
 
• Presenza di convenzione con altri soggetti istituzionali su specifici temi di ricerca o trasferimento tecnologico e che prevedono una doppia supervisione   SI
 
Motivazione:
Sono in corso di stipula convenzioni per co-tutela con i seguenti enti:
- Human technopole (Milano)
- Tigem (Napoli)
- GAINGE (Napoli)
- Biogem (Ariano Irpino)
 


Dottorato innovativo a caratterizzazione interdisciplinare

• Dottorati (con esclusione di quelli suddivisi in curricula) con iscritti provenienti da almeno 2 aree CUN, rappresentata ciascuna per almeno il 30% (rif. Titolo LM o LMCU )   ND    
• Corsi appartenenti a Scuole di Dottorato che prevedono contestualmente ambiti tematici relativi a problemi complessi caratterizzati da forte multidisciplinarità   SI
 
Motivazione:
La Biologia Computazionale è un campo interdisciplinare per elezione ponendosi alla frontiera dell’Informatica, della Fisica, della Statistica, della Matematica, dell’Ingegneria e della Biologia al fine di analizzare ed interpretare dati genomici e porre in termini algoritmici le principali questioni aperte legate alla comprensione degli aspetti molecolari della vita e delle malattie umane.
 
• Dottorati inerenti alle tematiche dei

Big Data
, relativamente alle sue metodologie o applicazioni
 
SI
 
Motivazione:
La genomica è una delle aree, insieme all'astronomia, astrofisica e metereologia, con il il piu' alto tasso di crescita di dati generati. La quantità di dati e sequenze depositate ogni anno, e disponibili ai ricercatori di Computational Biology, presso l'EBI (European Bioinformatics Institute) e l'NCBI (National Center for Biotechnology Information) raddoppiano in meno di 12 mesi. Si stima che entro il 2025 si generanno da 2 a 40 Exabyte di dati genomici ogni anno.
 
• Dottorati che rispondono congiuntamente ai seguenti criteri      
presenza nel Collegio di Dottorato di docenti afferenti ad almeno due aree CUN, rappresentata ciascuna per almeno il 20% nel Collegio stesso   SI    
presenza di un tema centrale che aggreghi coerentemente discipline e metodologie diverse, anche con riferimento alle aree ERC   SI   Motivazione:
A testimoniare il fatto che la Biologia Computazionale aggrega discipline e metodologie diverse basta verificare che questo tema è presente sia nell'area delle Scienze Fisiche e dell'Ingegneria PE6 "Computer Science and Informatics: Informatics and information systems,
computer science, scientific computing, intelligent systems" con il tema "PE6_13 Bioinformatics, biocomputing, and DNA and molecular computation" che nell'area Scienze della Vita (Life Science) con un intero panel "LS2 Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology: Molecular and
population genetics, genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, bioinformatics,
computational biology, biostatistics, biological modelling and simulation, systems biology,
genetic epidemiology"
 


Chiusura proposta e trasmissione: 19/05/2020


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